Pfaffenhausen liegt im Mindeltal im nördlichen Unterallgäu und nimmt seit jeher eine zentrale Rolle für sein Umland ein. Der Markt verbindet Tradition und Gegenwart auf charakteristische Weise: Eine breite Hauptstraße prägt das Ortsbild, darüber erhebt sich die markante Pfarrkirche, während Geschäfte, Handwerksbetriebe, Dienstleister und überregional tätige Firmen den Ort zu einem leistungsfähigen Einkaufs- und Arbeitsstandort machen. Historisch spiegelte sich diese Bedeutung in der großen Pfarrei sowie im Recht wider, mehrere Jahr- und Viehmärkte und eine Getreideschranne abzuhalten. Heute ist Pfaffenhausen Sitz der Verwaltungsgemeinschaft und des Schulverbandes, Standort einer modernen Verbandsschule, Mittelpunkt der Pfarreiengemeinschaft und als Kleinzentrum landesplanerisch eingestuft. Ein Gesundheitszentrum, Senioreneinrichtungen, Bücherei, Kindertagesstätte, Ganztagsbetreuung, Jugendzentrum sowie ein Begegnungs- und Pfarrgemeindezentrum unterstreichen die umfassende Infrastruktur.
Die Verkehrsanbindung gilt als günstig: Der Markt liegt an der Bundesstraße 16 sowie im Schnittpunkt mehrerer Staats- und Kreisstraßen, die Autobahn A96 ist rasch erreichbar. Die Regionalbahnlinie Mindelheim–Krumbach–Günzburg hält im Ort; auch der Ortsteil Weilbach besitzt einen Haltepunkt. Radwanderwege führen durch das Gemeindegebiet und verbinden Pfaffenhausen mit den Nachbarorten. Ein umfassender Hochwasserschutz und die Einbindung in die Stauden-Wasserversorgung sichern die technische Infrastruktur.
Das gesellschaftliche Leben ist lebendig und von zahlreichen Vereinen getragen. Sportstätten stehen in mehreren Ortsteilen zur Verfügung. Überregional bekannt sind die Faschingsumzüge der „Pfaffelonia“, große Jahrmärkte, die Adventsveranstaltung „Pfaffenhausen leuchtet“ sowie ein weithin beachtetes Benefiz-Schafkopfturnier. Als Storchenstandort hat sich der Markt ebenfalls einen Namen gemacht; die traditionsreiche Storchenbrauerei reicht bis ins 17. Jahrhundert zurück.
Naturräumlich prägend ist das Pfaffenhauser Moos im Norden der Flur, ein rund 50 Hektar großes Naturschutzgebiet mit seltenen Pflanzen, Wasserbiotopen und vielfältiger Tierwelt. Bis in die Mitte des 20. Jahrhunderts wurde hier noch Torf gestochen. Heute ist das Moos ein ruhiger Landschaftsraum mit eigenem Reiz im Wechsel der Jahreszeiten.
Zum Markt gehören neben dem Hauptort die Ortsteile Schöneberg, Egelhofen mit Mindelberg, Heinzenhof und Hertlehof sowie Weilbach. Schöneberg liegt nördlich an der Mindel und am Fuß des Höhenberges. Der Ort ist seit dem 12. Jahrhundert belegt, wurde im 19. Jahrhundert selbständige Pfarrei und besitzt mit der Kirche Sankt Nikolaus einen eigenen kirchlichen Mittelpunkt. Ein aktiver Sportverein und eine moderne Sportanlage prägen das Dorfleben. Modellcharakter besitzt die dort errichtete Feuchtgebietskläranlage.
Egelhofen erstreckt sich südlich des Hauptortes in landschaftlich reizvoller Lage. Der Ort ist seit dem 12. Jahrhundert nachweisbar, war lange mit dem Kloster Rottenbuch verbunden und blieb kirchlich über Jahrhunderte mit Pfaffenhausen verknüpft. Mittelpunkt ist die Kirche Sankt Margareta. Mindelberg erinnert mit seinem Höhenzug an eine einstige Burg der „Mindelberger“, die heute verschwunden ist. Heinzenhof und das Einzelgehöft Hertlehof sind landwirtschaftlich geprägt; dort wird auch Urlaub auf dem Bauernhof angeboten.
Weilbach schließlich liegt im Kammeltal westlich des Hauptortes. Der Ort wechselte im Lauf der Geschichte mehrfach die Herrschaft, besaß einst ein Schloss und war zeitweise selbständige Gemeinde, ehe er eingegliedert wurde. Kirchlicher Mittelpunkt ist die Sankt-Anna-Kapelle. Landwirtschaftliche Betriebe prägen weiterhin das Ortsbild.
Pfaffenhausen präsentiert sich damit als traditionsreicher Markt mit gewachsener Zentralfunktion, vielfältiger Infrastruktur, lebendigem Vereinsleben und naturnaher Umgebung im Mindel- und Kammeltal.
Die Endung -hausen weist auf eine Gründung in der schwäbischen Siedlungsphase des 8. Jahrhunderts. Urkundlich greifbar wird der Ort 1167 anlässlich einer Reliquienschenkung aus Ottobeuren. Besitzwechsel prägten das Mittelalter: Von alemannischen Stammesführern kam Pfaffenhausen an die Welfen; nach dem Tod Welfs VI. gelangte der Besitz an die Staufer, 1293 an die Markgrafen von Burgau und 1295 an den Bischof von Augsburg. Bischof Wolfhard von Roth (1288 bis 1302) schenkte den Markt dem Hochstift Augsburg samt Patronatsrecht über Sankt Stephan. 1360 erhielt Pfaffenhausen das Marktrecht – die ungewöhnlich breite Straße wurde erkennbar mit Blick auf Handel und Marktverkehr angelegt.
Die Markt- und Rechtsordnung war früh ausgeprägt: 1487 entstand das Pflegamt Pfaffenhausen, neben der niederen war auch die hohe Gerichtsbarkeit am Ort verankert; unter Kaiser Maximilian I. amtierte ein Scharfrichter. Jahrmärkte sind seit dem Spätmittelalter belegt – zunächst zu Sankt Mang bzw. Sankt Michaeli, später kam Pfingsten hinzu; 1811 folgte ein Fastenmarkt. Niederer Adel, der sich „von Pfaffenhausen“ nannte, tritt bis ins 14. Jahrhundert in Urkunden auf; der angestammte Sitz wurde aufgegeben.
Kirchlich prägte Sankt Stephan den Ort; das heutige Erscheinungsbild der Pfarrkirche spiegelt Umbauten späterer Jahrhunderte. Der Dreißigjährige Krieg traf das Mindeltal schwer; für die Jahre 1632 und 1646 sind regionale Verwüstungen belegt, konkrete Schadensangaben für den Markt selbst liegen in den vorliegenden Daten nicht vor. Katastrophen wie Pestzüge, Brände oder große Überschwemmungen werden in den einschlägigen Angaben zum Ort nicht eigens ausgewiesen.
Mit dem Reichsdeputationshauptschluss 1803 fiel Pfaffenhausen an Bayern. Die bayerische Verwaltung ordnete die lokalen Strukturen; 1808 wurde das Pfaffenhauser Schloss abgebrochen. Die Wirtschaft blieb handwerklich stark: 1809 sind zahlreiche Gewerke belegt – Bäcker, Brauer, Weber, Ziegler. Das 19. und frühe 20. Jahrhundert brachten soziale Infrastruktur: 1894 entstand das erste Schulgebäude, 1907 ein Krankenhaus. 1909 erhielt der Markt mit der Stichbahn Pfaffenhausen–Kirchheim Anschluss an das Schienennetz (Stilllegung 1966), 1910 folgte die Mittelschwabenbahn nach Krumbach. Zwischenkriegs- und Nachkriegszeit sahen eine beständige Handwerksstruktur, während die Zahl landwirtschaftlicher Betriebe nach 1945 stetig zurückging. 1958 bis 1959 wurde ein neues Schulhaus errichtet, 1969 entstand die Verbandsschule.
In der Gebietsreform kam am 1. Januar 1972 Weilbach hinzu, am 1. Mai 1978 folgten Egelhofen und Schöneberg – der Markt gewann Fläche und Verantwortung als Verwaltungssitz. Die Verkehrslage an B 16 und Staatsstraße 2037 hielt Pfaffenhausen als Handwerks- und Dienstleistungsstandort stabil; mit der RUF Automobile GmbH sitzt zudem ein weithin bekannter Fahrzeughersteller im Ort. Die Gastgebertradition folgt der Marktlogik: Aus Herbergen und Gasthäusern für Händler und Reisende entwickelte sich ein Netz aus Gasthöfen, Pensionen, Ferienwohnungen und Urlaub auf dem Bauernhof – kleinmaßstäbig, ortsnah, bis in die Gegenwart gepflegt.
Vereinödung: Für Pfaffenhausen ist keine datierte Vereinödung mit benennbaren Folgen überliefert.
Markt-/Gerichtsrechte: Marktrecht 1360; niedere und hohe Gerichtsbarkeit historisch am Ort verankert.
Bayern ab 1803/06: Übergang an Bayern 1803; Verwaltungsneuordnung, Ausbau von Schule und Gesundheitswesen, Bahnanschlüsse (1909/1910), später Schulverband – Tourismus blieb randständig gegenüber Handwerk und Handel.